الاستشارات الوقفية، وهي خدمة يقدمها المعهد في مجال إبداء الرأي الشرعي والقانوني والاستثماري والإداري في القضايا التي تخص عمل المؤسسات الوقفية، من حيث إعداد الخطط الاستراتيجية وصيغ العقود والاتفاقيات، والتدقيق ومراجعة الخطط وحوكمتها وتحقيق قضايا الامتثال وإدارة المخاطر.
وقدم المعهد أكثر من 3500 ساعة استشارية لعدة جهات وقفية حكومية وخاصة في دول العالم.